Quy định hải quan đối với DNCX chịu sự điều chỉnh trực tiếp của Luật Hải quan, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP) và Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC).

1. Chính sách thuế đối với Doanh nghiệp chế xuất

DNCX nằm trong khu phi thuế quan, áp dụng quan hệ mua bán với nội địa là quan hệ xuất nhập khẩu: Hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài: Thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và không chịu thuế GTGT (VAT) nếu phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất, chế xuất của DNCX.

Hàng hóa mua từ nội địa vào DNCX: Xem như hàng hóa xuất khẩu từ Việt Nam ra nước ngoài. DNCX được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% (nếu đáp ứng các điều kiện về hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan).

Hàng hóa bán từ DNCX vào nội địa: Xem như hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam. Bên phía nội địa mua hàng sẽ phải làm thủ tục nhập khẩu và nộp đầy đủ thuế nhập khẩu, thuế GTGT theo quy định.

2. Điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan (Khoản 10 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP)

Để được hưởng các chính sách ưu đãi thuế dành cho khu phi thuế quan, DNCX bắt buộc phải đáp ứng các điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan trước khi đi vào hoạt động:

  • Hàng rào cứng: Có tường rào/hàng rào ngăn cách hoàn toàn với khu vực bên ngoài.
  • Cổng ra/vào: Có cổng/cửa ra vào bảo đảm việc đưa hàng hóa ra, vào DNCX chỉ đi qua các cổng/cửa này.
  • Hệ thống Camera giám sát (CCTV): Lắp đặt hệ thống camera quan sát được các vị trí tại cổng/cửa ra vào và các điểm lưu giữ hàng hóa 24/7 (bao gồm cả ngày nghỉ, lễ). Dữ liệu camera phải được lưu trữ tối thiểu 12 tháng và kết nối trực tiếp với cơ quan hải quan quản lý.
  • Phần mềm quản lý nguyên phụ liệu: Có phần mềm quản lý hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu, tồn kho phục vụ lập báo cáo quyết toán với Hải quan.

3. Thủ tục Hải quan đối với DNCX

a. Thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa

Với nước ngoài: DNCX phải thực hiện thủ tục hải quan theo các mã loại hình tương ứng (ví dụ: ⁠E11⁠ - Nhập nguyên liệu của DNCX, ⁠E52⁠ - Xuất sản phẩm của DNCX).

Với nội địa (Thủ tục Hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ): DNCX và doanh nghiệp nội địa thực hiện mở tờ khai hải quan đối ứng (Tờ khai xuất khẩu tại chỗ ⁠E82⁠ hoặc ⁠G11⁠/⁠G21⁠ và Tờ khai nhập khẩu tương ứng).

Lưu ý: Hàng hóa là vật tư tiêu hao, văn phòng phẩm, đồ dùng sinh hoạt phục vụ bộ máy điều hành mua từ nội địa có thể lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan.

b. Chuyển đổi mục đích sử dụng, thanh lý hàng hóa

Khi DNCX muốn thanh lý, bán vào thị trường nội địa, tiêu hủy hoặc biếu tặng máy móc, thiết bị, nguyên vật liệu dư thừa đã nhập khẩu miễn/không chịu thuế trước đó, DNCX phải thực hiện đăng ký tờ khai thay đổi mục đích sử dụng và kê khai nộp lại thuế (nếu thuộc diện phải nộp) trước khi chuyển giao.

c. Báo cáo quyết toán (BCQT) tình hình sử dụng nguyên phụ liệu

DNCX có nghĩa vụ nộp Báo cáo quyết toán theo định kỳ hàng năm cho cơ quan hải quan quản lý.

Thời hạn nộp: Chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Nội dung: Báo cáo định mức thực tế sản xuất, tổng lượng nguyên phụ liệu nhập khẩu, lượng tồn kho, lượng đã đưa vào sản xuất và lượng sản phẩm xuất khẩu theo mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL (Thông tư 39/2018/TT-BTC).

Cơ quan hải quan sẽ thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro.

4. Mua bán, gia công hàng hóa giữa DNCX và nội địa/DNCX khác

a. Thuê doanh nghiệp nội địa gia công: DNCX được phép thuê doanh nghiệp nội địa hoặc DNCX khác thực hiện gia công một hoặc một số công đoạn sản xuất. Thủ tục thực hiện theo quy định gia công hàng hóa.

Nhận gia công cho nội địa/nước ngoài: DNCX được nhận gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài hoặc doanh nghiệp nội địa nếu phù hợp với mục tiêu ghi trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Với nước ngoài: DNCX phải thực hiện thủ tục hải quan theo các mã loại hình tương ứng (ví dụ: ⁠E11⁠ - Nhập nguyên liệu của DNCX, ⁠E52⁠ - Xuất sản phẩm của DNCX).

Với nội địa (Thủ tục Hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ): DNCX và doanh nghiệp nội địa thực hiện mở tờ khai hải quan đối ứng (Tờ khai xuất khẩu tại chỗ ⁠E82⁠ hoặc ⁠G11⁠/⁠G21⁠ và Tờ khai nhập khẩu tương ứng).

Lưu ý: Hàng hóa là vật tư tiêu hao, văn phòng phẩm, đồ dùng sinh hoạt phục vụ bộ máy điều hành mua từ nội địa có thể lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan.

b. Chuyển đổi mục đích sử dụng, thanh lý hàng hóa

Khi DNCX muốn thanh lý, bán vào thị trường nội địa, tiêu hủy hoặc biếu tặng máy móc, thiết bị, nguyên vật liệu dư thừa đã nhập khẩu miễn/không chịu thuế trước đó, DNCX phải thực hiện đăng ký tờ khai thay đổi mục đích sử dụng và kê khai nộp lại thuế (nếu thuộc diện phải nộp) trước khi chuyển giao.

c. Báo cáo quyết toán (BCQT) tình hình sử dụng nguyên phụ liệu

DNCX có nghĩa vụ nộp Báo cáo quyết toán theo định kỳ hàng năm cho cơ quan hải quan quản lý.

Thời hạn nộp: Chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Nội dung: Báo cáo định mức thực tế sản xuất, tổng lượng nguyên phụ liệu nhập khẩu, lượng tồn kho, lượng đã đưa vào sản xuất và lượng sản phẩm xuất khẩu theo mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL (Thông tư 39/2018/TT-BTC). Cơ quan hải quan sẽ thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro.

4. Mua bán, gia công hàng hóa giữa DNCX và nội địa/DNCX khác

Thuê doanh nghiệp nội địa gia công: DNCX được phép thuê doanh nghiệp nội địa hoặc DNCX khác thực hiện gia công một hoặc một số công đoạn sản xuất. Thủ tục thực hiện theo quy định gia công hàng hóa.

Nhận gia công cho nội địa/nước ngoài: DNCX được nhận gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài hoặc doanh nghiệp nội địa nếu phù hợp với mục tiêu ghi trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.